Desde su inicio en 1999 y hasta el presente, Whalesound ha incentivado la investigación científica en el área del Parque Marino Francisco Coloane y lugares adyacentes; ha prestado apoyo logístico a científicos de diferentes disciplinas, tales como ecología, genética, cetología, ornitología, arqueología, biología marina y botánica, pertenecientes a diversas instituciones como Fundación Yubarta (Colombia) , Instituto de la Patagonia, Universidad de Magallanes, Smithsonian Institute, University of Western Ontario, London-Ontario, Canadá, Centro de Estudios del Cuaternario (CECUA), Universidad Católica, Universidad Santo Tomás, Universidad de Chile, y Universidad de Concepción. En 2007 puso en funcionamiento una estación cientifica y observatorio aledaño al campamento.

Otra línea de interés de Whalesound es el apoyo a iniciativas de divulgación científica, como son los numerosos reportajes escritos en periódicos y revistas y proyectos audiovisuales nacionales y del extranjero, tal como la expedición Natibo-Visa para National Geographic que siguió la migración de la ballena jorobada.

El equipo de científicos que forma parte de Whalesound realiza investigaciones fundamentalmente en tres áreas:

- Estudio de la ecología y genética de la población de ballenas jorobadas, Megaptera novaengliae, el cual se inició en 1999. Se consideran aspectos como tamaño de esta población, fidelidad de los individuos al sitio de alimentación, tiempo de permanencia en el área, presencia de crías, diversidad e identidad genética de esta población, respecto a las otras poblaciones conocidas en el mundo; estructura sexual de la poblacional, conducta de los individuos y biogeografía.

- Estudio de la ecología de la población del pingüino de Magallanes, Spheniscus magallanicus, en Isla Rupert. El estudio se inició el 2005 con el apoyo del Ministerio de Bienes Nacionales, el cual permitió obtener información sobre el uso del espacio, tamaño de la colonia de pingüinos y su reproducción. El estudio continua hasta la fecha, lo que ha permitido establecer la existencia de cambios en el uso del espacio y la estacionalidad reproductiva; todo lo cual permite una mejor planificación de esta isla como área de interés turístico.

Además, el equipo de Whalesound monitorea la diversidad de las otras especies de mamíferos y aves que habitan en el Parque Marino.